29 Haziran 2018 Cuma

Magdeburg Deneyleri Chapter 3-4

Artık bu hafta "Alamanya soğuk memleket"in ne olduğunu bence görmeye başlamış bulunuyoruz. Bütün hafta boyunca havanın 15 derece olması, sürekli yağmur hatta dolu yağması ve labda sürekli deney yapmış olmam bütün enerjimi emdi desem yeridir.

Yağmurun yağmadığı nadir akşamlardan biri olan salı aşkşamı yemeğimi yanıma almışım, keyif yapayım diye nehir kenarında oturup yedikten sonra Magdeburg'da gezmediğim birkaç yeri gezmeye başladım. Birkaç saat sonra Ayşe ve Rodrigo ile buluşacaktık ve o saate kadar oyalanırım diye düşünmüştüm ama bu arada şarjım bitti. Buluşacağımız barın ne adı ne yeri ezberimde var ve buluşma için saate de bakmam gerekiyor, dedim ki ben en iyisi eve gideyim telefonumu şarj edeyim biraz.



Kayboldum 1, kayboldum 2, kayboldum 3


Olduğum yerden eve direkt giden tramvaya 15 dakika olduğu için aktarma yapmaya karar verdim ve diğer tramvaya bineceğim durağa geldim. Her şey güzel, tramvayıma 2 dakika var ve bu sırada "eve gideyim, acaba yemek yemeye vaktim kalır mı" diye plan yapmaya çalışıyorum. Tramvay geldi, bindim ama nasıl yorgunum, bildiğiniz uyukluyorum koltukta (zaten labdan da yorgunum diye erken çıkmışım). Ve üzülerek söylüyorum ki gözümü açtığım an şehrin hiç bilmediğim bir mahallesinde, saçma sapan bir duraktaydım. Yerin adı Südenburg, burası önemli, daha sonra karşımıza tekrar çıkacak :(

Ne kadar gittim, neredeyim hiçbir fikrim yok. Ve ve ve ben ne zaman  kaybolsam mutlaka telefonumun şarjı biter ve telefonum tabi ki artık kapanmıştı. "Yine mi kayboldum ya" diye söve söve başım önde indim tramvaydan. Bir de artık neredeysem, normalde tramvay durakları yolda karşılıklı oluyor iki yön için de, indiğim yerde sadece 1 durak var, karşı yöndeki durak yok. Haydaa, yürü bakalım diğer yöndeki durağı bulana kadar. Neyse ki buldum ve aktarma yaptığım yere geri gidip kendi tramvayıma binebildim, kendimi tebrik edip başarılarımın devamını diliyorum. 15 dakika kazanayım diye çektiğim işkenceye bak. Tabi ki evde yemek yiyemedim ve telefonumu biraz şarj edip doğru Ayşe'yle Rodrigo'nun yanına gittim.




Bu olayın üzerinden bir hafta geçti, ben o sırada "lanet olsun yine kaybolup abuk abuk yerlere gittim" diye ağlarken yol çalışması sebebiyle evimin önünden geçen tramvay kalktı ve onun yerine garip bir yere giden otobüs koydular, oradan aktarma yapmam gerekiyor. Ve sağolsun canım Almanya bütün duyuruları Almanca yaptığı için ne yapmam gerektiğini tam olarak bilmiyorum. Yine labdakilerle buluşma planı yaptık, otobüs geldi bindim ve tramvaya doğru gittiğimi varsayıyorum. Derken otobüs şehirden çıkıp otoyola girdiii, ne hoş ve daha sonra tak diye bir alışveriş merkezinin yanında durdu. Ve arkadaşlar, olduğum yer tabi ki Südenburg.

Ne yapsam derken şoföre gidip "tram??" diye sormamla adam bir bağırmaya başlamasın mı! Arkadaşlar adam benimle almanca bir şekilde kavga ediyor, zaten bu konuda en başından gerilmişim, ne avaz avaz bağırıyon amca ya. En son da düğmeye kırar gibi basım kapıları açıp attı beni otobüsten iyi mi. Ve bilin bakalım benim şarjım kaç :))) Yüzde 5. Şaşırdık mı HAYIIIR. Ayşe ve Xiao bana yol tarif etmeye çalışıyorlar ama tramvar o gün değiştiği için kimse bir şey bilmiyor. Ben bir şekilde bir otobüs buldum oradan ve 1 saat de gecikmeli olsa yemeğe gidebildim (dans eden emoji).



Bu arada bir hafta içinde 3. kez daha kayboldum ama onu burada yazmam pek mümkün değil çünkü korkudan kalp krizlerine sebebiyet verebilir :) İyi tarafından bakarsak bu sefer şarjım vardı ve şarjım hayatımı kurtardı :) Dipnot, kaybolduğum yine Südenburg................


Pozisyon al, hazır ol, yola çık!


Hafta sonu ise buraya geldiğimden beri ilk resmi gezimi yapmak için Dresden ve Prag'a gittim. Hava durumuna göre sıcaklık 15 derece gibi olacaktı, ben de ona göre uzun kollu tişört giydim, yanıma kazak aldım ve boynuma da şal aldım. Hava hakkında söyleyeceklerim şunlar: 7 derecelik sıcaklık yüzünden Dresden'de bere almak zorunda kaldım (evet haziran sonunda bere aldım ve neden bere sattıkları da ayrı bir konu bence), ne kazağımı ne kot ceketimi üzerimden çıkartabildim, keşke botum olsa diye ağladım. Ciddi ciddi bunları yaşadım ve o an tek isteğim kendimi Antalya'da kzıgın kumlara atıp haşlanmak falandı, o kadar söylüyorum.

Dresden özet fotoğrafı

Dresden hiç aklımda olan bir yer değildi, Prag'a giderken aktarma yapmak için uğradım. Beğendim mi, birkaç yeri evet ama bence çok çok karanlık bir şehir. Zaten hava gri, bir de şehirdeki binalar oksitlenmeden dolayı simsiyah olmuş, al sana cenazeye gider gibi giyinmiş şehir. Vallahi içim karardı. Zwinger isimli yazlık sarayı gezdim, burası baya güzeldi, çok ihtişamlı bir yerdi ama Dresden'e yapılan YAZLIK saray ne kadar verimli olur bilemiyorum tabi :D

Dresden Kalesi de güzeldi, her yer çeşme ve heykel dolu. Onun dışında bir tane 2. Dünya Savaşı'nda yıkılan ama daha sonra halkın birleşip tekrar inşa ettiği bir kilise var, bu kadar. Ama en çok gitmek istediğim yer olan Kunsthofpassage'a gidemedim, elbet fotoğrafını görmüşsünüzdür, üzerinde borular olan yağmur yağınca müzik yapan mavi bina. Hem vaktim yoktu, hem de o havada yürüyemedim yani.



Akşam Prag'a geçtim ve neyse ki, binlerce şükür hava 12 dereceye geldi ve biraz da olsa montsuz gezebildim. Orada İsrailli bir adamla tanıştım, Türk olduğumu duyunca "Anadolu Ankara'ya kadar Yunan, gerisi Kürt, sen nesin???? Saf Türk yoktur, bense 150 yıldır saf ırkım" muhabbetlerine girdi. Amca bi git allahasen ya gelmişin kaç yaşına, sokakta tanıştığın kişiye dediğin şeyler bak. Hostelime yerleştim ve Dancing House'u görmeye gittim. Zaten herkes fotoğraf çekiyor, bir tane artık Çek midir nedir bilemiyorum, fotoğraf çektiğimi görünce "hıh" diye göz devirip gitti. Ay dünyaca ünlü yer orası, heralde çekicem, manyak mıdır nedir.

Dancing House'la dans eden foto çekmeye çalışırken

Yeteri kadar üşüdüğüme emin olduktan sonra (?) hostele geri gittim. Açıkçası bütün "pis" yorumlarına rağmen 1 gece kalacağım için en ucuz hosteli seçtim ama Prag'da ve özellikle hostelimin olduğu yerde bir tuhaflık var. Göçmen bölgesi gibi bir yer olabileceğini düşünüyorum ve bütün sokaklar ama bütün her yer ot kokuyor. Yemin ediyorum Amsterdam böyle kokmuyordu be. Sağolsun Maps beni hostele öyle yerlerden götürdü ki bütün şehrin uyuşturucu ticaretine şahit oldum, milyarlar uçuştu havada.



Ertesi gün sabahın köründe kalkıp John Lennon Wall'a gittim ve duvarın önünde fotoğraf çekilen 1 kişi bile yoktu. Ben fotoğraf çekildim ve giderken dönüp baktığımda ise neredeyse duvara değecek yer yoktu, ne ara geldiniz ben anlamadım. Oradan yaklaşık 1 saat tırmanıp Prag Kalesi ve çok güzel bir katedrale çıktım ve süperzeka ben o günün pazar olduğunu ve insanların ibadeti için ziyaret saatlerinin geç olabileceğini düşünmedim, tabana kuvvet geri indim çünkü açılmasına 2 saat vardı. Bu arada meşhur trdelnik ve çikolatalı biradan aldım, ikisi de güzeldi ama bir daha alır mıyım bilemiyorum. Hele trdelnik, ağzına tarçın sürmeyen biri olarak tarçınsız yapılanı denk geldiği için çok mutluyum, bir daha tarçınlı yemeyi riske atamam sanırım.


Dikkat Alman polisi çıkabilir


Artık Almanya'ya dönüyorum, otobüsüme bindim ve yanıma da Meksikalı bir kız oturdu. Çantasını bırakıp bagaj koymaya gittiği an yanıma bir adam geldi "boş mu" diye soruyor. Değil diyorum, eşya var diyorum ve ne yapsa beğenirsiniz, kendi dilinde "nah dolu" gibi bir şeyler geveleyip çantasını fırlattı koltuğa. Tam o sırada kız geldi de adam başka yere gittim.



Yaklaşık 1 saat sonra Almanya'ya girdik ve otobüs pasaport kontrolü için durdu ve içeri Alman polisleri geldi, tek tek pasaportlara bakıyorlar. Verdim pasaportumu, "Republic of Turkey" yazısını görünce bana baktı, pasaporta baktı, her sayfaya her damgaya tek tek baktı, en son Türkiye'den çıkış damgalarına baktı, fotoğrafıma baktı, tekrar bana baktı ve nihayet saatler sonunda pasaportum bana ulaştı. Ne yani Türküz diye böyle mi muamele görmemiz lazım, yanımdaki Meksikalı'nın Schengen vizesine bakıp geri vermeyi biliyorsun ama sevgili Alman polisciğim???

Bu arada kontrol gerçekten 1 saat kadar sürdü ve bir ara otobüste bir uğultu başladı. Camdan bir baktım, iki polis bir adamın kollarında, indirmişler adamı otobüsten götürüyorlar. Ve bu adam kim çıksa beğenirsiniz? İlk başta yanıma oturmaya çalışan adam! Zaten bir garipti, bir sorun olmasına şaşırdık mı, hayır.


Yeni insanlar & kültür karışıklıkları


Bu arada enstitüde Seda ile tanıştık, Almanya'da başka bir labda post-doc olarak çalışıyormuş, deney yapmak için bizim enstitüye gelmiş. Bayağı bir dedikodudan sonra öğrendik ki daha önce yaptığım stajların birinde beraber çalıştığım kişi ile sınıf arkadaşı çıktılar :) Zaten ben bu şekilde tesadüflerimle anılan bir insanımdır, kilometrelerce öteden yine bir tanıdığım çıkmasa şaşardım.


Eğer havalar güzel gitseydi burada Datsche diye bir mekanda konsere gidecektik ama aynı gün rüzgardan uçtuğum için (gerçekten) plan değiştirip Ayşe'nin evinde pizza yemeye karar verdik. Rodrigo, Xiao, Ayşe, ben karnımızı misler gibi doyurduktan sonra başladık Türkçe şarkılar açıp söylemeye. Meğer ben gelmeden önce bir gün Ayşe, Xiao ile Rodrigo'ya Müzeyyen Senar eşiliğine rakı masası hazırlamış :D Anlattıklarına göre gecenin sonu samba yaparken bitmiş orası ayrı.

Bu arada en uzun gündüz yaşandı ve aşağıdaki fotoğraf çekildiğinde saat 23:20'yi, bence çok güzel :)



Umarım benim stajım da samba yapacak kadar keyifli biter diyerek bu 2 haftalık yazıyı bitiriyorum. Önümüzdeki hafta yazı haftalık özet gelmeyecek çünkü çok keyifli bir yerde olmayı planlıyorum, onu da gelince anlatırım. O zaman diğer hafta biraz daha güney semalarından haberlerle görüşmek üzere, arrivederci <3

Magdeburg deneyleri ilk chapter için buraya,

İkinci chapter için buraya tıklayabilirsiniz!


20 Haziran 2018 Çarşamba

Makale Nasıl Çıkarılır, Makalenin Önemi Nedir?

İster lisansta ister daha sonra doktora hayatında araştırmalar yapılıp yeni bir şeyler bulundukça, bu yeniliklerin bilim literatürüne girmesi gerekiyor ve bu da makale çıkararak oluyor. Peki bu makaleler nasıl çıkıyor, araştırmaya katılmak için ne yapılmalı ve araştırmadan sonraki süreç nasıl oluyor?

Bu yazıda daha önce araştırma yaparken makale çıkaran 2 arkadaşımla konuştum. İkisi de makale araştırmasına farklı okullarda lisans okurken katılmışlar. Ve şimdi söz Aylin ve Gökhan'da!



**Makalenin genel olarak önemi nedir?


Aylin: Makalenin genel önemi olarak, bilim dünyasında çeşitli ülkelerden bilim insanlarının bilgilerini paylaşmak üzere yazılı olarak paylaştıkları bilgi sistemi olması denilebilir. Yani bir bilim insanı açısından önceden çalışılmış ya da çalışılmamış projeler hakkında, makaleler kaynak görevi görmektedir.

Gökhan: Tüm canlılar iz bırakma, unutulmama iç güdüsüyle varlıklarını devam ettiriyor ve makaleler de bilimle uğraşan insanların izleridir. Bilimsel çalışmalar, bilimde değişmeyen tek şey olan değişimi takip etmenin tek yoludur. Eğer ki değişimi yakalayabilirsek değişen her şeyi kendi elimizle değiştirebiliriz.

Makaleyi yazarken sadece bilimsel açıdan değil iş disiplini açısından da birçok yetkinlik kazandım. Örneğin, makaleyi yazarken belli tarihlerde, yayımlayacağınız makaleyi ilgili derginin istediği formatta hazırlamak durumundasınız ki diğer çalıştığınız insanlarla birlikte bu süreci iyi yönetebilin.



**Lisansta makale çıkarmanın ne faydası var?


Aylin: Yüksek lisans ya da doktora başvuruları yaparken, mülakattan sorumlu hocalar tarafından özellikle dikkat çekecek bir özelliktir lisansta makalenin yayınlanmış olması. Uzun uğraşlar ve sıkı çalışma sonucu yazılır makaleler. 

Diğer açıdan da lisansta makale okumak, sunmak kişiyi bilim dünyasına hazırlar. Kazanmış olduğu bilimsel bilgilerin artması makale okumaktan ve onları verimli bir şekilde değerlendirmekten geçer. Lisansta bu beceriyi elde edebilmişse, kişi ilerdeki bilimsel yaşantısına daha kolay adapte olabilecektir.

Gökhan:
 Makalede ilk isim olmak aslında önemli lakin lisanstayken makale çıkarmak gayet yeterli. Lisans döneminde bir makalenin olması yüksek lisans ve doktora başvuruları için büyük önem taşıyor. Hem somut olarak bir alanda yetkinliğini göstermeni sağlıyor hem de bu çalışmaları birlikte yürüttüğün danışmanlarından referans almanı kolaylaştırıyor.



**Araştırmaya dahil olabilmek için neler yaptın?


Aylin: Lisans olmak özellikle de alt sınıflarda olmak hocaların stajyer olarak istedikleri kriterlerden biri olmayabilir. Burada önemli olan lisans öğrencisinin ne kadar istekli ve kararlı olduğudur. Başımdan geçen birden fazla olaydan tecrübe ettiğim tek şey, hocaya karşı ne kadar ısrarcı ve ikna edici olursan, hocanın seni laboratuvarına kabul etmesi o kadar kolay oluyor. 

Lisans 1.sınıftan itibaren çeşitli kurumlarda gönüllü staj, 3.sınıfta da zorunlu stajımı yapmış biri olarak rahatlıkla diyebilirim ki, laboratuvara kabul aldıktan sonra, çalışkan ve bilime meraklı bir öğrenciyseniz yüksek lisans ve doktora için o laboratuvarlardan birinden rahatlıkla kabul alabilirsiniz.

Gökhan:
 Laboratuvara başlamamdaki amaç buradaki disiplini öğrenmek ve wet-lab tecrübemin olmasını istememdi. Yaklaşık üç yıldır, Prof. Dr. Aslı Tolun’un laboratuvarında çalışmalarımı yürütmekteyim. Laboratuvarın ilk 3-4 ayında doktora ve yüksek lisans öğrencilerinin yanında hem onların deneylerine yardım ettim. 

Daha sonra, Aslı Hoca’m yurt dışından yeni gelen genetik hastalığı olan ailede araştırma yapıp yapamayacağımı sordu ve süreç böylelikle başlamış oldu. Daha sonra sayı giderek arttı ve içlerinden birinde, ailede kalıtılan bilinen nadir bir mutasyonun farklı bir fenotipe neden olduğunu bularak makale ile sonuçlandırdık.



**Data elde etmek için labda ne kadar zaman geçiyor?


Aylin: Eğer laboratuvara ve bilime katkıda bulunmak öncelikli hedefin ise aslında ne kadar zaman harcadığın çok önemli olmuyor. Ancak sağlıklı bir şekilde çalışmak için en doğru olanı zaman yönetimi. Zamanı yönetmenin çok faydası olsa da bazen bazı çalışmalar için bu mümkün olmayabiliyor. Zaman denetimli olan deneylerde özellikle bu durumu yaşayıp, sabah 9dan gece 2ye kadar laboratuvarda kalmak da mümkün tabii ki. 

Eğer birazcık şanslıysanız 3 ayda elde ettiğiniz datalarla da makale çıkartabilir ya da senelerce çalışma sonunda hala yeterli datayı elde etmemiş de olabilirsiniz. Ama o 3 aylık dönemde de sıkı çalışmak gerekiyor tabiki de. 

Gökhan:
 Deneyler istediğiniz şekilde sonuçlanmadığında gerekirse haftasonları da akşama kadar o sonucu almak zorundasınız.



**Datayı elde ettin, sonraki adım ne oluyor?


Aylin: Aslında deneyin her bilimsel ilerlemesinde laboratuvarın başındaki hocanla konuşuyorsun. İlerlemen gereken yolda o ve okuduğun makaleler özellikle yol gösterici oluyorlar. Makale çıkarmak için yeterli datayı elde ettikten sonra makale yazılmaya başlanıyor. Tabii burada makalede adı geçenlere iş bölümü yapılıyor. Herkes özellikle kendi datasından ve metodundan sorumlu. 

Sonra makale taslağı dergilere gönderiliyor, dergiden kabul aldıktan ve editörlerin istedikleri makale taslağı üzerinde gerekli düzenlemeler tamamlandıktan sonra makale basılmaya ve internet ortamı üzerinde paylaşılmaya hazır oluyor.

Gökhan:
 Tüm sonuçları elde ettikten sonra makalede sizinle ilgili olan bölümleri yazmaya başlıyorsunuz ve ortak çalıştığınız diğer insanlara makalenin ham halini gönderiyorsunuz. Onlar da size kendileriyle ilgili olan bölümleri yazıyor. Her iki taraf yazılanları okuduktan sonra yapılacak düzeltmeler, eksik çalışmalar var ise belirtiyor ve makale böylelikle yavaş yavaş toparlanıyor.

Makalemizi dergiye ilk gönderdiğimizde dergi hakemlerinin incelemeleri sonucu kabul aldığı haberi 3 ay içinde geldi. Hakemler çalışmayı beğendiklerini fakat birkaç araştırma daha yapılmasını söyledi. 2 hafta içinde o çalışmaları tamamlayıp tekrar gönderdik ve yaklaşık 2 ay içinde makalemiz bilimsel literatürde yerini aldı. Aileyi ilk çalışmaya başladığımdan makalenin yayımlanma tarihine geçen süre yaklaşık 1 sene.



**Makaleye, yazan kişi olarak kimlerin isimleri ekleniyor?


Aylin: Öncelikle makalede sunulan datalar kime aitse onların isimleri geçiyor. Bu dataların elde edilmesinde yardımcı olan kişiler de makaleye dahil edilebilir. Her zaman laboratuvar ortamında çalışılmasını sağladığı için ister deney yapsın ya da yapmasın, sorumlu hocanın adı da mutlaka ekleniyor makaleye. Sonuçta hocanın maddi desteği ve laboratuvarında deney yapma imkanı olmasa, makale için gerekli olan datalar elde edilemezdi.

Gökhan: Makaledeki ilk isimler çalışmaları bizzat kendi yapan insanlar oluyor, sırası çoğunlukla bu makaleye ayırdığı süreyle ilişkili oluyor. Eğer bu insanlara danışmanlık eden insanlar var ise bu kişilerin isimleri de en sonda aynı numarayla yerini alıyor.


Aylin ve Gökhan'ın makale konusunda söyleyecekleri şimdilik bu kadar, verdikleri desteklerden dolayı Aylin Alkan ve Gökhan Nalbant'a çok teşekkür ediyorum :)

Aylin'in makalelerine buradan, Gökhan'ınkine de buradan ulaşabilirsiniz!

16 Haziran 2018 Cumartesi

Magdeburg Deneyleri Chapter 2

16 Haziran itibariyle buradaki 2. haftamı doldurmuş bulunuyorum! İlk hafta alışma sürecinden sonra bu hafta o kadar yoğun ve hızlı geçti ki, hiçbir şey anlamadım desem yeridir.

Akademik durumlar


Bu hafta sabahtan akşama kadar labdaydım - ki buna cumartesi gündüz de dahil. Daha önceden hazırlanmış nöron hücrelerdeki bazı protein miktarlarına ve bu hücrelere değişik moleküller verince bu protein seviyelerinin nasıl değiştiğine baktık. Böylece ben de buradaki ilk kendi deneyimi yapmış oldum öhöm öhöm.

Türkiye'de görmediğim 5 ml'lik pipet ve arkada çalıştığım yer

Kendi yaptığım bir başka deney de nöron hücrelerine dışarıdan protein verip bu proteini nöronda sentezletmek oldu. Daha önce bu deneyi yapmıştım (nöronlarda değil tabi) ama burada farklı bir metod kullanarak yaptım. Daha sonra nöronlara dışarıdan verdiğimiz proteini tanıyan ve mikroskopta yeşil renkli gözüken başka bir molekül daha verdik ve mikroskop eğitimi aldıktan sonra bunları gözlemleyeceğim. Eğer istediğimiz protein sentezlendiyse, nöronları yeşil yeşil boyanmış halde görebileceğiz :) Bu renkli boyama kısmını daha önce hiç görmemiştim ve merak ettiğim bir metoddu çünkü makalelerde sık sık görüyordum. Kendim yapıp öğrenmem çok güzel oldu.


Timsah eti de ne?


Cuma günü iş çıkışı yemeği olarak Xiao'nun daha önce bahsettiği Çin restoranı Mr. Pan'e gittik. Burası bir açık büfe restoranı. Ver 18 euroyu, ye yiyebildiğin kadar ve inanılmaz fazla çeşit var, etten sushiye, salatadan dondurmaya kadar. Seçenek olarak Çin'de bile hiç görmediğim yemeklerin olması dışında, hayatımda ilk kez kanguru eti, köpekbalığı eti ve timsah eti yeme şansım oldu. Kanguru eti kırmızıyken, diğer ikisi beyaz ve köpekbalığı inanılmaz yumuşak ve lezzetli bir şey, resmen yerken bitmesin istedim. Çok doyduğum için ikinci et tabağını alamadım ama bir daha 18 euro verip yer miyim bilemiyorum :D Belki son günlerimde.

Solda timsah, ortada kırmızı kanguru ve sağda köpekbalığı eti

Çin restoranı olduğu için garsona yemeğim gelince Çince teşekkür edeyim dedim ve garson böyle bişey beklemediği için sanırım duymadı veya anlamadı. Ama en azından doğru söylediğimi biliyorum çünkü Xiao gülüp "aferin" dedi :D Birbirimize karşılıklı Çince ve Türkçe öğretiyoruz.

Benim geçen sene Çin'e gitmiş olmam ve Çince 1-2 kelime biliyor olmam sürekli Xiao ile gündem konusu oluyor. "Ben Türk'üm" demeyi biliyorum diyorum, önüme kağıt kalem verip karakterini çiz diyor, yahu ben nasıl çizeyim onları, latin alfabesiyle yaz desen bile yazamam, söylemeyi biliyorum sadece :)



Bayram heyecanı


Canım lab arkadaşım Ayşe cuma günü Ramazan Bayramı olduğu için laba yüzünde kocaman bir sırıtış ve elinde ayıptır söylemesi bir kilo fıstıklı baklava ile geldi. Ben "nereden buldun bunuuu" diye bağırırken birkaç parça çoktan kaybolmuştu bile. Meğer evinin orda Suriyelilerin işlettiği bir fırın varmış ve sabah gelirken oradan almış.

Baklavadan Xiao'ya da yedirdik ve zavallım bu kadar şekere alışkın olmadığından tüm gün boyunca "şekerim çıktı" diye ağladı. Ama heralde çok değişik geldi ki unutmamak için defalarca "baklava" diye tekrarlayıp durdu. Nerde yiyeceksin sen güzelim fıstıklı baklavayı elin Çin'inde?



Gavur ellerde aç kaldım


Lab dışında bu hafta en çok vaktimi alan şey markete gitmek oldu. Yiyecek hiçbir şeyim kalmadığından nerdeyse her gün markete gittim. Geçen haftaki başarısız bulgur pilavı denememden sonra (başarısız çünkü salçam ve tereyağım yoktu) markette harıl harıl salça aradım - ve buldum. Ama bence bu salça pek bizim alışkın olduğumuz güzelim kavanozdaki salçalara benzemiyor.

Bunu Ayşe'nin yönlendirmesi ile bulabildim, açıkçası ben bunu kendim rafta görsem "aaa salça" deyip de almazdım. Aynı diş macununa benziyor. Başka bir market alışverişimde gördüğüm üzere, aynı şekilde mayonez de varmış ve çok şükür ketçabın yanında olduğu için tanıyıp alabildim, kendimi tebrik ediyorum :D



Bir akşam enstitüdeki arkadaşlarımdan biri Klara ile geçen hafta gidip de bayıldığım bira bahçesine gittik. Her gidişimde farklı bir şeyler deniyorum. Magdeburg'a özgü birisürü bira varmış ve ben burada satılan biraların hiçbirini Türkiye'de görmedim. Şimdiye kadar elmalı Apfel Cidre, limonlu Gösser ve salatalıklı Cucumis içtim (sanırım cucumis alkolsüz). Burayı her gelişimde daha çok seviyorum, canım bira bahçesi <3

Önümüzdeki hafta görüşmek üzere,


Stajdaki ilk haftamın yazısı için buraya,

Çin'de neler yaptığımı anlatan yazı için buraya,

Çin'deki gözlemlerimi anlatan yazı için buraya tıklayabilirsiniz!


11 Haziran 2018 Pazartesi

Magdeburg Deneyleri Chapter 1

Taa ekimde ayarladığım, o günden beri hevesle beklediğim stajımı yapmak için Magdeburg'a gelmiş bulunuyorum! Bu yazıda ilk haftamın nasıl geçtiğinden, kaldığım yerden ve staj yaptığım enstitüden bahsedeceğim.



Yeni evim güzel evim


Magdeburg'a gelmek için Berlin'e indim ve oradan FlixBus'a bindim. 1 buçuk saatlik yolculuktan sonra beraber çalışacağımız doktora öğrencisi Ayşe beni karşıladı ve bir şeyler atıştırmaya gittik. Almanya'da olduğumu Ayşe'nin neredeyse 1 litrelik birasından anladım :) Bol bol akademik hayatlarımızdan, labdaki kişilerden ve şehirden konuştuktan sonra, beni evime yerleştirmek için yola çıktık. Evden önce süpermarkete uğradık çünkü Almanya'da pazar günleri her yer kapalı olduğundan yiyecek hiçbir şeyim, içecek suyum bile olmayacaktı. Daha sonra markete 15 dakika uzaklıktaki evime geldik.


Kalacağım yer enstitünün hemen yanında, hatta binanın merdivenlerinden odamın için gözüküyor, o kadar yakın :D Evim tek kişilik, 1+0 (aslında bu yüzden odam diyebilirim) ve enstitünün misafirhanesinin içinde. Yaklaşık 15 oda var ve benim odam büyük odalardan, banyo odanın içinde ve koltuk var. Yatağım, koltuk, 1 adet çalışma masası, 1 adet 2 kişilik yemek masası, 1 konsol, 2 şifonyer ve 4 kapılı dolabım tek bir odada bulunuyor. Bu kadar geniş bir oda ve büyük bir dolap yıllarca 6 kişilik yurtta kalmış bünyeme ilaç gibi geldi vallahi. Banyo odanın içinde ayrı bir yerde ve katta ortak mutfak var.

Klasik düzenli Alman mahalleleri


Yerleştikten sonra odadaki sabun, kağıt havlu gibi şeyleri almak için tekrar markete çıktım ve dönüşte biraz mahalleyi gezdim. Aslında baya şirin, güzel bir mahalle. Evler düzenli, her sokak farklı renkte. Mesala ana cadde sarı ve kırmızı evlerden oluşuyorken bir arka sokak pembe, mavi, sarı pastel boyalı evlerden oluşuyor. Hatta genel olarak şehrin biraz eski bir havası var (bence biraz da Rus havası), bunu da Doğu Almanya'da olmasına bağlıyorum. Her sokakta bisiklet yolu var ve sanırım ben de bisiklet almayı düşünüyorum çünkü 2 günde 1 markete gidiyorum ve sürekli 30 dk git-gel yapmak istemiyorum.


Ertesi gün, yani pazar günü, biraz etrafı turlayayım, hem de belki kahve içip yazı yazacak bir yerler bulurum diye şehri gezintiye çıktım. Kabul aldığımda Magdeburg'a internetten bakarken Dom Katedrali'nin çok büyük ve ihtişamlı olduğunu görmüştüm, Dom'u karşımda görünce hem sevindim hem de gerçekten oraya geldiğimi anladım, aylarca bir fotoğrafa bakıyorsunuz ve daha sonra orayı karşınızda buluveriyorsunuz :) Instagram için oluşturduğum bir story serisi var, şehirlerin ikonik yapılarının olduğu kartpostalları o yapıların önünde fotoğraflıyorum ve bu seri için Hundertwasser House'ın bir fotoğrafını çektim (bu seriyi baya seviyorum, bence bi instagramıma göz atın).

Hundertwasser House

Bu arada telefon hattımı ALDI Market'ten aldım, içinde 10 euro olan bir hat veriyorlar ve daha sonra internetten tarifenizi seçip hattı aktive ediyorsunuz. Benim tarifem aylık 10 euroya 3 GB internet içeriyor ve dediklerine göre internet bütün Avrupa Birliği ülkelerinde geçerli. Bakalım, öyle mi göreceğiz :)

Lab, araştıma ve enstitü


Pazartesi günü labdaki ilk günüm ve hem inanılmaz heyecanlı hem de inanılmaz mutluydum, çünkü aylardır konuştuğum post-doc Rodrigo ile tanışacaktım ve de alışkın olduğum lab ortamlarından bambaşka bir yerde, bambaşka bir araştırmanın içine dahil olacaktım. Ve araştırmaya ilk günden iyi bir giriş yaptık bence, hamile sıçanı öldürüp karnındaki embryoların beyinlerini topladık. Daha sonra bu beyinlerden hippocampusleri ayırıp hippocampal nöronları büyümeleri için ektik. Bu benim için fazlasıyla büyük bir olay çünkü hayatımda ilk defa nöron hücresi gördüm ve hiç bilmediğim bir yöntem görmüş oldum. Sonradan öğrendim ki beni hayretler içinde bırakan bu olay aslında gayet normal bir prosedürmüş.

Magderburger Dom

Sıra geldi biraz da labı ve enstitüyü tanıtmaya. Labda post-doc Şilili Rodrigo ve doktora öğrencisi Ayşe var, bir de ben geldim. Araştırdıkları şey de şu, nöroplastin diye bir hippocampuste bulunan bir protein var ve bu protein hafıza ve öğrenme ile ilgili. Normal bir şekilde büyüyüp bir şeyler öğrenen sıçanlar, daha sonra bu protein hücrelerinden yok edildiğinde öğrendikleri şeyi unutuyorlar! Ve de seçici bir şekilde genelde travmatik olayları unutuyorlar! Bence bu inanılmaz bir olay ve böyle bir araştırmada olduğum için gerçekten çok mutlu oldum, lab konusunda güzel bir tercih yapmışım. (Bu arada bu konuyla ilgili neredeyse bütün paperleri Rodrigo yazmış, okuyayım diye kendi paperlarını verdi hehehe)


Enstitünün tam adı Leibniz Institute for Neurobiology ve baya büyük bir yer, çok farklı ülkelerden insanlar var. Şimdiye kadar Alman, Hintli, Çinli, Fransız ve İspanyol insanlarla tanıştım mesala. Ve bu kadar büyük bir yer sadece neuroscience çalışıyor ama neuroscience'ın her şeyi buna dahil. Nörogenetikten tutun moleküler biyolojiye, hayvan deneylerine kadar birsürü araştırma konusu var.



Yeni international arkadaşlıklar


Labda Ayşe ve Çinli Xiao çok yakın arkadaşlar ve genelde üçümüz beraber takılıyoruz. Bir akşam lab çıkışında Rodrigo, Ayşe, ben, Xiao ve Andre Dom'un yanında ve nehir kenarında çok tatlı, çok minnoş bir bira bahçesine geldik, Çimlerin üzerine masalar atmışlar ve her yer ağaç dolu. Bir de bu ağaçlara küçük ampuller asmışlar, aman allahım resmen vuruldum, VU-RUL-DUM. Anlaşılan yazım burada geçecek :) (Mekanın adı Schweizer Milchkuranstalt Fürstenwall.)




Xiao ile ilgili komik bir şey anlatmak istiyorum. Xiao'nun Çinli olduğunu öğrendiğimde, "Ni hao, wo shi Cemre" diye Çince kendimi tanıtmıştım ve çocuk deneyini bırakıp bana bakakalmıştı, bildiğiniz error verdi :D Sonra da yanındakine dönüp "bu kız Çince konuşuyor" demişti.

Nece konuştuğumu bilmediğim zamanlar


Bu arada Ayşe'yle aramızda Türkçe konuşuyoruz ama Rodrigo ve enstitüdeki diğer insanlarla İngilizce konuşuyorum. Böylece deneylere ve konuya iyice hakim olabiliyorken İngilizcemi de Rodrigo'yla akademik olarak, diğer insanlarla da normal günlük sohbetlerle olarak geliştirebiliyorum.

Ama şöyle bir şey var, annem buraya gelmeden önce "3 ay Almanya'ya gidip Almanca öğrenmezsen ... " diye beni fena sıkıştırmıştı, tehdit ettiği şeyi burada söylemek istemiyorum :) Bu yüzden markette falan Almanca konuşmaya çalışıyorum AMA minik bir sorunum var. Yıllardır Almanca konuşmadığım ve 2 yıldır sürekli İtalyanca ile iç içe olduğum için beynim yabancı dil olarak sadece İtalyancayı kodlamış. Almanca düşüne düşüne soru soruyorum, kasiyer Almanca cevap veriyor ya, ben evet için "ja" yerine "si" diyorum ya da sürekli "danke" yerine "grazie" diyorum ve bundan kesinlikle kurtulamıyorum, insanlar beni İtalyan Kız olarak falan öğrenecekler galiba :D

Ya da belki Bingöllü kız falan?
Cumartesi günü Glacis-Park'ta küçük bir festival vardı, oraya gittik ve her şey çok tatlıydı. Burgerciler, ev yapımı likör satan standlar, vegan salatacılar, birsürü şey vardı. AMA benim için bu festival deyince aklıma gelecek şey portatif tuvaletler. Daha önce hiç kullanmamıştım ve bir konteynıra tuvaletimi yapmak (tabi ki sabunsuz ve sifonsuz) fazlasıyla ilginç bir tecrübeydi. Festivalden sonra bir Vietnam restoranına yemek yemeye gittik. İstanbul'dan bile fazla yemek çeşitliliği ile Magdeburg beni gerçekten şaşırtıyor.

Bakalım bir sonraki lezzetli ülkemiz gelecek hafta neresi olacak :)

Miniş bir not: Yazı serimin adı Magdeburg Deneyleri çünkü hem burdaki lab stajımı anlatacağım hem de küre kullanarak açık hava basıncı deneyleri burada yapılmış. Lisede fizik dersinde gördüğümüzü hatırlıyorum, belki hatırlarsınız :)

3 Haziran 2018 Pazar

Laboratuvar Projesi Nedir, Ne Faydası Var?

Hepimiz lisans hayatımızda bir şeyler öğrenmeye çalışıyoruz, bunun için lablarda çalışıp stajlar yapıyoruz. Derslerle beraber bu çalışmayı yürütmeye çalıştığımız için de deneylerin tümünü göremiyor, belli bir deneyin ardından hangisi yapılmalı ya da genel lab işleyişi nasıl oluyor gibi sorularımız cevapsız kalıyor. Bunlara cevap verebilmek için bir labda uzun süreli vakit geçirip gerçek anlamda deney yapmak gerekiyor.

Boğaziçi'nde açılan BIO491-492 Special Project dersleri tam olarak bu olanağı sağlıyor. Bu dersler aslında biraz bitirme projesine benziyor, ama farkı bu dersleri almak zorunlu değil. Eğer alırsanız 3 kredilik bir bölüm seçmelisi yerine sayılıyorlar. Ben bu dönem projemi Prof. Dr. Nesrin Özören'in Apoptoz ve Kanser İmmunolojisi Laboratuvarı'nda yaptım. Orada yüksek lisans yapan birinin projesine dahil oldum ve deneyleri beraber yaptık.

Sunumdan sonra pizza partisi

İlk önce size projelerini anlatıyorlar ve labda ne nerede, hangi materyal hangi deneyde kullanılır onları gösteriyorlar. Yapılacak bir deney olduğunda, ilk önce yapan kişiyi izlemeniz gerekiyor. Daha sonra başka bir sefer yine bu deney yapılacaksa bu sefer yapan kişiyi "bu aleti al, buraya tak, bunu buza koy" gibi yönlendirmenizi istiyorlar. Bundan sonra da deneyi kendiniz yapıyorsunuz, tabi bu sırada yanınızdaki kişi sizi izliyor (hem sorunuz olursa sormanız için hem de önlem amaçlı). En son da artık bu deneyi kendi başınıza yapabilecek hale geliyorsunuz :)

Deneyleri ilk kez izlerken, kısa kısa notlar almanız çok önemli (ben ilk başlarda almıyordum ve daha sonra deneyleri kendim yapmam gerektiğinde nasıl yapacağımı bilemediğim noktalar oldu). Bu notlar hem deneyde kullanılan malzemelerle ilgili olabilir (atıyorum bir kimyasal +4 derecede mi yoksa -20'de mi durmalı) ya da deneyde bir cihaz hangi ayarlarda kullanılıyor, bunu gibi şeyler olmalı. Ama bence kendinize ekstradan küçük hatırlatıcı notlar almanız çok akıllıca olur. Benim duyduğumu aklımda tutma yeteneğim çok yüksek değildir, o yüzden bana söylenen bir şeyi direkt yazmaya çalışıyorum. Örneğin bir kimyasalın (raftaki yeri bile olsa) ya da kitin yerini bile yazabilirsiniz. Proje kapsamında bu notları yani yaptığınız deneyin amacını, nasıl yapıldığını ve sonucunu bir lab defterine yazmanız bekleniyor. böylece hem daha sonra siz bu deneyi yapacakken "nasıl yapmıştım" diye düşünmezsiniz, hem de deftere bakan bir başkası neyi neden yaptığınızı ve eğer bir hata varsa bunun nedenini size söyleyebilir.

Projesine dahil olduğum Açelya

Bu arada labda olacağım saatleri derslerimden kalan boşluklara göre ayarladık. Mesala dersimin 5'te bittiği bir gün 12'de çıktığım da oldu, sabah 10 dersimden önce bir saat gelip deney hazırlığı yaptığım da. Ne kadar çok ve peşpeşe gelen boş vaktiniz varsa, hem o kadar uzun süreli deney takip edebilirsiniz hem de daha çok şey öğrenebilirsiniz ama genel olarak güzel bir iş çıkarmak için haftanın en az 3 tam günü (bence en az 4) labda olmanız gerekiyor. Çünkü normal haftalık lab derslerinden farklı gerçek bir araştırmanın içinde oluyorsunuz ve her gün çalışmayı ilerletecek deneyler yapılıyor, üstüne üstlük normal stajlar gibi solüsyon hazırlamak gibi işler değil de ciddi ciddi deney yapıyorsunuz.

Ama başka bir labda bu ders kapsamında proje yapan bir arkadaşım, kendi projesinin 2-3 hafta sürdüğünü, onun dışında sadece başkalarına yardım ettiğini ve günde 3 saat civarı gittiğini söylüyordu. Labda geçireceğiniz süre içinde olduğunuz projeye, labın genel çalışma şartlarına, sizin yeteneğinize, kısaca her şeye göre değişebilir.

Nesrin Özören ile

Benim projem immun sistemde rol alan bir proteinin hücre içindeki değişimleri ile ilgiliydi. Bu protein daha önce hakkında hiç makale yazılmamış bir protein, yani eğer elle tutulur sonuçlar bulabilirsek bizim lab bunları bulan ilk lab olacak :) Bunun dışında labda boş kaldığım vakitlerde de başka insanların deneylerine yardım ettim ve bence en az deneyler kadar önemli olan lab işleyişini öğrendim. Autoclave nedir, biten malzemeler nereden yerine konulur, distile su nereden alınır, bufferlar nasıl hazırlanır gibi şeyler öğrendim.

Proje bitiminde de (finallerden sonra) bölümdeki bütün hocalara ve yüksek lisans-doktora öğrencilerine 15 dakikalık bir sunum ile projenizi anlatıyorsunuz. Sunumdan sonra hocalar size konuyla ilgili "bunu neden böyle yaptınız, sonuçları şuraya gönderdiniz mi, ne kadar süre deney yaptınız" gibi sorular soruyorlar.

Sunum sırasında

Bence bu proje yüksek lisans deneyiminin minik bir provası oluyor. Neredeyse sıfırdan başlayarak kendi deneyinizi yürütebilecek hale geliyorsunuz ve en sonunda da datanızı sunup projenizi savunuyorsunuz. AKİL'deki projem hem insan ilişkileri bakımından, hem de akademik açıdan bana çok şey katan sunumumdu, çok fazla şey öğrendiğimi düşünüyorum. Eğer sizin de böyle bir şansınız varsa kesinlikle kullanın derim :) Ve ve ve tabi ki bana kattıkları her şey için AKİL'in her üyesine ve Nesrin Hoca'ma çok teşekkür ediyorum <3